La Academia se estableció en 1780. Originalmente, nació como una Escuela de Dibujo con un curso que duró tres años, y fue considerada entre las diez cátedras de Estudios menores que, junto con las otras veinte cátedras, constituían la Academia de Estudios. Unos años más tarde, en 1783, también se estableció la Academia del hombre desnudo. Desde 1805, algunos cursos de la Academia se han asociado con las cátedras de Arquitectura Civil y Filosofía de la Real Universidad de Palermo, mientras que los otros cursos todavía se consideran entre los profesores menores.

Palazzo Fernández, inaugurado en 1866 como sede del Real Instituto de Bellas Artes y hoy sede de la Academia de Bellas Artes, data de finales del siglo XIX. La imponente construcción en potentes sillares de piedra caliza, tiene una fachada seria y majestuosa de tres pisos, la última de las cuales se destaca por un curso de cuerda fuerte y se divide en tres partes por un cuerpo central que sobresale. Las ventanas de los arcos redondos están marcadas por pilastras.

El edificio ahora se ha renovado después de un cuidadoso trabajo de restauración y, desde 2005, se ha vuelto a abrir al público, con la transformación parcial del edificio en un museo y áreas de conferencias. En su interior se ubican las oficinas de gestión y relaciones internacionales, la biblioteca, la sala multimedia y las clases.