L’Académie a été créée en 1780. À l’origine, elle était une école de dessin d’une durée de trois ans. Elle figurait parmi les dix chaires d’études mineures qui, avec les vingt autres chaires, constituaient l’Académie des études. Quelques années plus tard, en 1783, l'Académie du nu est également créée. Depuis 1805, certains cours de l'Académie ont été associés aux chaires d'architecture civile et de philosophie de l'Université royale de Palerme, tandis que les autres cours sont toujours considérés comme des professeurs mineurs.

Le Palais Fernandez, inauguré en 1866 comme siège de l'Institut royal des beaux-arts et aujourd'hui siège de l'Académie des beaux-arts, remonte à la fin du XIXe siècle. L'imposante construction en puissantes pierres de taille en pierre calcaire présente une façade sérieuse et majestueuse de trois étages, dont le dernier est mis en valeur par un fort jeu de cordes et divisé en trois parties par un corps central en saillie. Les fenêtres des arches rondes sont marquées par des pilastres.

Le bâtiment est maintenant rénové à la suite de travaux de restauration minutieux. Depuis 2005, il a été rouvert au public et a été partiellement transformé en musée et en espace de conférence. À l'intérieur se trouvent les bureaux de la direction et des relations internationales, la bibliothèque, la salle multimédia et les cours.