La chiesa è annessa al limitrofo convento, edificato nel 1507 sotto il titolo di San Maria del Popolo da suor Lucrezia Di Leo dell’ordine delle Clarisse, nel luogo che era stato fino al 1492 il ghetto ebraico della città e dove esisteva una sinagoga, detta popolarmente “moschita”. 
Dopo la soppressione del monastero, nel 1579, la chiesa fu occupata dal Collegio dei Notai. Nel 1596, la chiesa e il convento furono ceduti ai Padri Agostiniani che nel 1609 fecero edificare una nuova e maestosa chiesa. La facciata è semplice, ma vigorosa, su due ordini, intelaiata da robuste paraste; compiuta nella seconda metà del XVII secolo è stata ritoccata intorno al 1922. 
Sul portale principale è la statua in nicchia di San Nicolò, collocata nel 1687. La pianta basilicale ha tre navate, divise da poderosi pilastri, con vasto transetto, cappellone rettangolare e profonde cappelle laterali. La chiesa ha subito molti danni lungo i secoli; oggi appare spoglia e, nel nudo involucro murario, meglio si coglie la vastità degli spazi. 
Di notevole interesse sono le due tele di Pietro Novelli, visibili sulle cappelle del transetto: “la Vergine e Sant'Agostino” e “San Nicolò di Tolentino”; il fonte battesimale del XV secolo su piedistallo seicentesco e l’altare maggiore in marmi mischi del settecento.