Il Museo è situato all’interno dell’Arsenale, il quale fu eretto nel 1621-30 su progetto dell'architetto palermitano Mariano Smiriglio. 

L'edificio occupa uno spazio rettangolare. Al piano terra vi sono sei arcate che proseguivano nell'atrio retrostante, oggi non più coperto. Le arcate, attualmente tompagnate, ospitavano gli scafi in costruzione che su scivoli venivano poi varati. 

Il piano superiore è distinto dal piano terra tramite una cornice a marcapiano che funge da appoggio per un ballatoio sul quale montava la guardia armata e dove si aprono sei grandi finestre ad edicola classica. 

Il museo fu inaugurato nel 1997 da un gruppo di appassionati che, accomunati dall'amore per la propria terra, ne hanno creato il primo nucleo storico attraverso la raccolta di oggettistica navale, nonché con la riproduzione modellistica di tipiche imbarcazioni facenti parte del naviglio storico siciliano. 

All'interno del museo si possono ammirare due cannoni di epoca borbonica, fusi tra il 1781 e il 1785. Inoltre vi sono dei portolani, libri originali che contenevano le indicazioni tecniche per il sicuro approdo nei vari porti e riproduzioni in scala di sciabecchi, imbarcazione di origine araba, galere e navi cannoniere.