Le origini della famiglia Filangeri risalgono al periodo normanno. Provenienti da Napoli, per sfuggire agli Angioini, assumeranno una importanza notevole per i numerosi feudi, ma anche per le importanti cariche che vestiranno sia in ambito civile che religioso. 

Nella prima metà del ‘600, Giuseppe Filangeri venne nominato principe di Mirto. L’aspetto odierno del palazzo rispecchia a grandi linee quello voluto intorno al 1793 dal principe Bernardo. 

Di notevole interesse sono: la Sala Salvatore Rosa, chiamata così per la presenza di dipinti realizzati dall’artista napoletano; lo stanzino del trucco con una toiletta in stile Luigi XV e quello del fumo con le pareti in cuoio bulinato e dipinto; il Salone dei Ricevimenti con le decorazioni pittoriche realizzate dal Velasco ed il Salone del Baldacchino con le pareti interamente ricamate a “pittoresco” con scene della “Gerusalemme Liberata” e il soffitto affrescato dall’Interguglielmi dove è celebrata la Gloria di Bernardo Filangeri. 

Nel 1982 il palazzo fu donato da Maria Concetta Filangeri alla Regione Siciliana, divenendo così sede museale.