L'Accademia venne istituita nel 1780. In origine nacque come Scuola di disegno con il corso della durata di tre anni, ed era considerata tra le dieci cattedre di Studi minori che insieme alle altre venti cattedre costituiva l'Accademia degli Studi. Pochi anni dopo, nel 1783 venne istituita anche l'Accademia dell’uomo ignudo. Dal 1805 alcuni corsi dell'Accademia vengono associati alle cattedre di Architettura civile e filosofia della Regia università di Palermo gli altri corsi restano invece considerati fra le cattedre minori. 

Palazzo Fernandez, inaugurato nel 1866 come sede del Regio istituto di belle arti ed oggi attuale sede dell’Accademia di belle arti, risale alla fine del XIX secolo. L’imponente costruzione in poderosi conci di calcarenite, ha un prospetto serio e maestoso a tre piani, di cui l’ultimo evidenziato da un forte marcapiano e tripartito da un corpo centrale aggettante. Le finestre delle arcate a tutto sesto sono scandite da lesene. 

L’edificio si presenta oggi rinnovato a seguito di un accorto lavoro di restauro e dal 2005 è riaperto al pubblico, con la trasformazione parziale dell'edificio in museo e aree conferenze. Al suo interno sono presenti gli uffici della direzione e delle relazioni internazionali, la biblioteca, l'aula multimediale e hanno sede le lezioni.