La Villa si estende su circa 8 ettari ed è costituita da una palazzina e un parco. La palazzina fu eretta per la famiglia Whitaker, importanti commercianti inglesi, che fecero la loro fortuna con il “Marsala”, l’ottimo vino siciliano e su molte altre attività siciliane, ne settore navale ad esempio, tra il 1886 e il 1889 su progetto neorinascimentale dell’architetto Ignazio Greco. 

La villa è in stile neoclassico cinquecentesco, con colonne doriche formanti una loggia. Al suo interno si possono ammirare: salotti in stile Luigi XV e XVI, una sala da ballo, una per il gioco del biliardo, nonché una collezione di arazzi fiamminghi del XVI secolo, una coppia di elefantini in smalto cloisonné provenienti dal palazzo imperiale di Pechino, un clavicembalo settecentesco recentemente restaurato anche nella parte pittorica, una slitta russa tardo settecentesca e collezioni di porcellane, ventagli, coralli trapanesi del ‘600 e ‘700, quadri dell’800 siciliano e una rara specchiera veneziana del 6-700. 

All'esterno un vasto parco; di notevole interesse è la Sala d'estate, decorata con piante e fiori in stile realistico, tanto da sembrare un prolungamento del giardino. Oggi la villa appartiene alla Fondazione Whitaker che, sotto il patrocinio dell’Accademia Nazionale dei Lincei, è stata istituita nel 1975, con lo scopo di incrementare le attività culturali in Sicilia, con particolare riferimento allo studio della civiltà fenicio-punica, e al mantenimento del suo patrimonio storico artistico custodito nell’isola di Mozia e nella Villa Malfitano, una vera e propria casa-museo.